L'une des meilleures parties de Nanzen-ji est négligée par la plupart des visiteurs. Nanzen-ji Oku-no-in, un petit sanctuaire caché dans un creux boisé derrière l'enceinte principale. Pour arriver ici, marcher jusqu'à l'aqueduc de briques rouges en face de Nanzen-in. Suivez la route qui longe l'aqueduc dans les collines, et passer devant (ou à travers) Kōtoku-in, un petit sous-temple sur votre gauche. Continuer les marches dans les bois jusqu'à ce que vous atteigniez une cascade dans une belle gorge de montagne. C'est ici à Nanzen-ji Oku-no-in que les pèlerins prient tout en restant sous les chutes, parfois en plein hiver. Des sentiers de randonnée mènent dans toutes les directions à partir de ce point; en allant vers le nord sur 5 km (à pied environ deux heures), vous arrivez au sommet de Daimonji-yama; allez à l'est et vous arrivez à la ville de Yamashina (aussi environ deux heures).